Die Zentralisierung der Aufgaben von bisher 7 Wasser- und Schifffahrtsdirektionen in einer Generaldirektion Wasserstraßen und Schifffahrt (GDWS) zum 01.05.2013 war der erste wichtige Meilenstein der Reform der WSV. Sie bildet den Grundstein für eine zentrale Steuerung aller verfügbaren WSV-Ressourcen im Binnen- und Küstenbereich einschließlich der Priorisierung der Investitionsmaßnahmen. Die Beschäftigten arbeiten an den Standorten Bonn, Mainz, Münster, Würzburg, Hannover, Magdeburg, Kiel und Aurich. Die Zentrale hat ihren Sitz in Bonn. Erklärtes Ziel ist es, den Standort Bonn unter Beachtung der politisch gesetzten Vorgaben zur Sozialverträglichkeit weiter zügig aufzubauen.

Zur weiteren Umsetzung der Reform gehört eine gestraffte Struktur der Wasserstraßen- und Schifffahrtsämter. Aus bisher 39 zuständigen Wasser- und Schifffahrtsämtern werden künftig 17 Wasserstraßen- und Schifffahrtsämter, die für bestimmte Verkehrsräume ganzheitlich zuständig sein werden. Dabei bleiben alle Standorte erhalten. Die Reviereinteilung der neuen Wasserstraßen- und Schifffahrtsämter wurde auf Grundlage des 6. Berichtes zur WSV-Reform an den Deutschen Bundestag außenbezirksscharf und kilometergenau festgelegt.

Das WSV-Zuständigkeitsanpassungsgesetz und die WSV-Zuständigkeitsanpassungsverordnung sind Anfang Juni 2016 in Kraft getreten, damit erfolgte u. a. die formelle Umbenennung der Wasser- und Schifffahrtsverwaltung in Wasserstraßen- und Schifffahrtsverwaltung sowie der Wasser- und Schifffahrtsämter in Wasserstraßen- und Schifffahrtsämter.

Die Umsetzung der WSV-Reform erfolgt gemeinsam mit den Beschäftigten und sozialverträglich. Dies bedeutet u. a. für die vor dem 01.04.2014 unbefristeten Tarifbeschäftigten eine Reihe von sozialverträglichen Zusagen wie keine betriebsbedingten Kündigungen, keine Versetzungen gegen den Willen der Beschäftigten, sowie keine finanziellen Einbußen im Zuge der Reform. Die WSV-Reform soll im Jahre 2025 abgeschlossen sein.